ゲートの中心に行った黒と銀はそこでアンバーに会い，アンバーたち，そして組織のことについて知る。組織によりいったん，契約者の消去が発動されるが，アンバーの最後の力で，やり直し，黒は組織の装置を破壊する。そして組織の計画は失敗し，黒は消える…っ…

アンチスパイラルとの戦い。敵はグレンラガンと同型のロボットとなり戦ってくる。アンチスパイラルは自らの進化を止め，同胞を封印した元螺旋族だった。戦いの中時空のひずみにより地球への道が開き，地球のみんなの前でのたたかいになる。みんなの力を受け…